In einer Urkunde wird das Katholische Kranken­haus Erfurt zum ersten Mal erwähnt. Damals befand es sich noch an seinem alten Standort, wo heute die Gorkistraße den Walkstrom kreuzt. Der damalige Domküster Johannes Konrad Würschmitt hatte schriftlich niedergelegt, dass ein "unbekannt sein wollender Freund... allhier eine Stiftung zu Trost armer Kranker und hilfloser Katholischer Menschen anzufangen Willens wäre". Von Anfang an trug das Kranken­haus den Namen des Heiligen Johann Nepomuk.
Die Transkription des Schreibens vom 16. Juni 1735 finden Sie hier:

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Barmherzige Schwestern des Hauses vom heiligen Vinzenz von Paul aus Fulda kommen nach Erfurt. Sie übernehmen die Pflege und Wirtschaftsführung im Katho­lischen Kranken­haus „St. Johann Nepomuk” Erfurt.

Die Barmherzigen Schwestern der Vinzentinerinnen wirken weltweit, wie dieses Foto von 1931 aus den USA belegt.

Ankunft der Barmherzigen Schwestern in Erfurt

“Vertrag zwischen dem bischöflichen Geistlichen Gerichte zu Erfurt als Aufsichtsratsbehörde über das Katholische Kranken­haus und die Elisabeth-Stiftung damals und dem Dompräbendat Herrn Dr. Lomb als geistlichem Vorstande der barmherzigen Schwestern zu Fulda und der Schwester Oberin Anastasia Knist da selbst, beide handelnd im Namen der barmherzigen Schwestern zu Fulda, wegen Über­nahme des katholischen Kranken­hauses Erfurt zur Besetzung der inneren Hausverwaltung und die Krankenpflege durch die barmherzigen Schwestern zu Fulda.”

Im Laufe der Jahrhunderte stehen immer wieder große Heraus­forderungen an, um das Katholische Kranken­haus „St. Johann Nepomuk“ in Erfurt zu einem modernen Klinikum weiter­zu­entwickeln. Eine entscheidende Wendung bringt das Jahr 1922, als eine Statutenänderung die abschließende Neuordnung des Kranken­hauses ermöglicht. Darin heißt es unter anderem: „Zweck der Anstalt ist: Aufnahme und Pflege kranker Personen ohne Unterschied des Geschlechts und des religiösen Bekenntnisses“, sowie: „Die Aufnahme geschieht unentgeltlich oder gegen Vergütung.“

Nach der Wiedervereinigung Deutschlands erfolgt eine Neu­ausrichtung der Stiftung "St. Johann Nepomuk". Im Jahr 1998 übernimmt sie für das "St. Elisabeth"-Krankenhaus in Lengenfeld unterm Stein, eine Fachklinik für Geriatrie und heute Kompetenz­zentrum für Geriatrie, ebenfalls die Trägerschaft. 

1999 wurde das in Trägerschaft der Stiftung übergegangene Haus der Caritas in der Regierungsstraße 55 (Erfurt) in Betrieb genommen. Hier bietet die Caritas zahlreiche soziale Beratungs­dienste, den Tagestreff (Suppenküche/ Wärmestube) für sozial Schwache und Obdachlose sowie die Caritas-Kleiderkammer an.

Am 1. Januar 2002 übernimmt die neu gegründete Katholische Hospital­vereinigung Thüringen gGmbH die Trägerschaft des Katho­lischen Kranken­hauses von der Stiftung „St. Johann Nepomuk“. Die Stiftung bleibt alleinige Gesellschafterin der gemeinnützigen GmbH. Mit der Gründung entsteht auch die Position eines Geschäftsführers, der über weitreichende wirtschaftliche Handlungsspielräume ver­fügt. Gleichzeitig etablieren sich klar definierte Handlungs­struk­turen, verbindliche Zuständigkeitsregelungen und eine vereinfachte Möglichkeit, mehrere Krankenhäuser unter einem gemeinsamen Dach zu betreiben.

Im Dezember 2019 findet die notarielle Beurkundung des Gesellschaftsvertrag eines Medizinischen Ver­sor­gungszentrums (MVZ) als 100%-Tochter der KHVT gGmbH statt. Knapp fünf Monate später, im April 2020, wird die Praxis für Allge­meinmedizin Dres. Nette in Lengenfeld unterm Stein gekauft. Damit ist die Voraussetzung für die Zulassung als MVZ bei der KHVT gGmbH geschaffen, die im Juni 2020 erfolgt.

Im Juli 2024 wird das Facharztzentrum am Kaffeetrichter (FAZ) in Erfurt durch die KHVT gGmbH als 100%ige Tochter übernommen. Noch im selben Jahr erfolgt der Kauf der Praxis für Urologie Dres. Heiko Filz & Gernot Eschholz in Weimar als Standort der FAZ Kaffeetrichter GmbH. 
Es folgen im Januar 2025 der Zukauf eines KV-Sitzes für Orthopädie sowie der Praxis für Neurochirurgie Dr. Albrecht Hochstetter in Erfurt, ebenfalls als Standort der FAZ Kaffeetrichter GmbH.